南通市农业科技档案馆筹建于1985年，成立于1989年5月，为全国首家农业科技档案馆。该馆为全民所有制事业单位，科级建制，馆址在南通市姚港路附29号，隶属于南通市农业局，业务上接受南通市档案局监督和指导，其主要职能：①负责本局农业科技档案的收集、整理与保管、利用工作；②检查、指导、监督全市农业科技档案的建设与管理工作。

   南通市农业科技档案馆前身为南通地区农林局科技档案室。南通市农业科技档案工作从1980年开始进行恢复整顿，1984年在全国率先完成市、县、区、乡四级农业科技档案建档任务。1985年开始筹建南通市农业科技档案馆，期间，得到市委、市政府以及省和国家农业、档案部门的大力支持。1986年经农牧渔业部和国家档案局同意，南通市人民政府批准，由国家投资31万元，市政府拨款5万元，市农业局自筹资金9万元，合计45万元，在姚港路附29号正式兴建南通市农业科技档案馆，至1990年11月建成开馆。

档案馆馆舍面积650平方米，其中库房面积240平方米，基本达到“十防”要求。馆内设置档案密集架、铁质档案橱、空调、去湿机、计算机、摄像机、网站服务器、IP储存器等现代化管理设备。馆内设有库房、阅览室、陈列室、整理室、会议室和办公室等。

   南通市农业科技档案馆是一个大农业、多功能的专业档案馆，馆藏主要有南通市农林局下属的作物栽培技术指导站、种子站、土壤肥料站、植保检疫站、林业（园艺）技术指导站、畜牧兽医站、农业科技与对外经济合作交流中心等科技档案。科技档案、科技资料、图书资料三位一体管理是农业档案馆的特色。到2007年底，全市农林系统库藏农业科技档案52575卷、资料38057册、录音带735盒、照片9936张、标本754瓶（袋、盒）、图纸7060张、汇编116本、实物11件；累计接待查阅人员16316人次，借阅档案、资料61749卷次。

20年来，南通市农业科技档案馆的“科技档案、图书资料和情报信息”三位一体特色馆藏、农业科技档案标准化建设、农业科技示范户和农村专业户“两户档案”建设等档案工作得到了上级部门和领导的充分肯定，档案馆多次在国家、省、市农业和农村档案工作会议上作经验交流。南通市农业科技档案馆1988年被国家农业部评为“全国农业科技档案工作先进集体”，1991年被省档案局、省人事局评为全省农业科技档案工作先进集体。1990年、1993年、2000年先后被江苏省农林厅、省档案局评为农业科技档案先进集体。1996年，南通市农业科技档案馆作为南通唯一入选第十三届国际档案大会资料《中国档案事业发展成果展览》大型画册的档案馆。

   近年来，在省农委和市档案局指导下，档案馆以科学发展观为指导，拓展服务功能，积极开发利用农业科技档案信息资源，农业部丰收奖、省市农技推广奖、省市科技进步奖等科技成果档案利用率屡创新高，为农业科研、试验、示范、推广和生产等提供了大量翔实的数据，促进了农业和农村经济的快速发展。